在医院系统的洁净室中，手术室可以说是应用最早的地方，最初是在矫形手术中被广泛的使用到，主要是因为在矫形手术的时候，由于手术所持续的时间比较的长，很容易造成感染，通常情况下，会使用到顶部高效空气过滤系统，这样基本上可以覆盖很广泛的区域。像隔离室，特定的护理区还有测试区，也是需要经过高效过滤器进行处理的。如今，医疗洁净室应用的领域也在不断的增加，像分娩室，保育室，心脏病人护理单元等等都有使用。洁净手术室的特点是没有灰尘，没有细菌。医院洁净手术室是需要进行定期的护理的，以前还发生过，有医护人员突然出现晕倒的现象，后来检查发现是新风加热器没有进行有效的过滤，出现了堵塞的现象，而空调箱里面的风机也有孙华的现象，风量相对来说比较小，使得洁净室比较的封闭。如果体质比较弱的话，就很容易出现晕倒的现象，所以洁净室还需要定期对其护理。